Caracterización e identificación de microorganismos

Caracterización e identificación de microorganismos mediante
técnicas moleculares
1. Antecedentes
La caracterización de los microorganismos supone un notable avance en seguridad microbiológica del
proceso industrial tanto en la Industria Alimentaria como en Biofarmacología y Salud Pública, ya que
permite establecer la fuente de contaminación de una forma mucho más precisa y por tanto identificar
las cepas implicadas y establecer su trazabilidad.
Los métodos moleculares de caracterización basados en la amplificación de fragmentos repetidos no
codificantes (REP-PCR) mediante una técnica automatizada, constituyen un método rápido, fiable y
sencillo de genotipado molecular de cepas bacteriana y fúngicas. La capacidad de identificar los
microorganismos a nivel de cepa y al mismo tiempo establecer un análisis comparativo de las diferentes
cepas analizadas constituye un notable ahorro de tiempo para identificar el potencial contaminante
alimentario y por tanto erradicar el foco contaminante.
2. Metodología
Aislamiento e identificación del microorganismo a nivel de
familia y/o género
Extracción del ADN bacteriano mediante lisis térmica de los
microorganismos, detergentes y lisis mecánica en una solución
de microesferas. Unión del ADN a filtros de sílica, lavado y
elución en tampón Tris.
Lectura espectrofotométrica del ADN a una longitud de onda
de 260 y 280 nm para su cuantificación. Ajuste del ADN a una
concentración de 25 ng/µl.
REP-PCR Amplificación de fragmentos repetidos de regiones no
codificantes del genoma del microorganismo.
Detección de los amplicones mediante un bioanalizador
(2100 Bioanalyzer. Agilent) y el uso de un chip con una matriz
de microfluidos.
Interpretación de los resultados mediante un
software de análisis vía web (Diversilab System v.3)
potente
Tipificación:
permite
el
análisis
comparativo entre cepas para ver similitudes
y diferencias.
Clasificación: identificación de las cepas mediante
la comparación de los perfiles genéticos con una
base de datos.
Aplicaciones:
Estudios epidemiológicos
Trazabilidad de patógenos y alterantes en la
cadena alimentaria.
Autentificación de microorganismos de interés
(cultivos iniciadores, fermentos, probióticos…)
Aplicaciones:
Confirmación de resultados analíticos.
Identificación de serotipos (Salmonella, Listeria
monocytogenes…)
Identificación de especies microbianas.
3. Plazo de entrega
El plazo de entrega de resultados es de forma habitual de 10 días. No obstante, existe la posibilidad de
realizar la analítica mediante un servicio de urgencia de forma que los resultados estarían en un plazo de
24 h.
4. Otras técnicas
Ainia dispone de diversas metodologías para el análisis de las cepas de Salmonella. Entre ellas podemos
citar:
1. Dispone de un servicio de identificación de microorganismos mediante PCR- secuenciación. No
obstante, debido a que el poder de discriminación a nivel de serotipo es menor que la REP-PCR
su aplicación fundamental es la identificación de microorganismos a nivel de especie.
2.
Electroforesis en campo pulsado (PFGE). Dicha técnica se considera el método de referencia en
la tipificación de microorganismos. No obstante, debido a su mayor laboriosidad y complejidad
hace que utilicemos dicha técnica como método de confirmación de perfiles genéticos dudosos.