curriculum gustavo parisi - Universidad Nacional de Quilmes

curriculum gustavo parisi - Universidad Nacional de Quilmes

Gustavo Daniel Parisi
DATOS PERSONALES
Fecha de nacimiento
20-1-64 (La Plata, Buenos Aires)
Nacionalidad
Argentina
Familia
Casado, 1 hijo
Documento
DNI 16.727.136
CUIL
20-16727136-8
Correo electrónico
[email protected]
Domicilio Laboral
Centro de Estudios e Investigaciones
Universidad Nacional de Quilmes
Roque Saenz Peña 180, 1876 Bernal
Argentina
Telefono y fax laboral
++54 11 43657100 int 135
++ 54 11 43657182
ESTUDIOS UNIVERSITARIOS Y DE POSGRADO
Títulos
Químico
1993, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata.
Bioquímico
1995, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata,
Doctor de la Facultad de Ciencias Exactas
2002, Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata,
Calificación: Sobresaliente
CURSOS DE POSGRADO REALIZADOS
Nacionales
 Química Computacional, dictado por la Dra. Guillermina Estiú.
Duración 64 hs entre agosto y diciembre de 1994. Departamento de
Ciencia y Tecnología, Universidad Nacional de Quilmes. Aprobado.
 Espectroscopía Molecular, dictado por el Prof. Majed Chergui,
Institut de Physique Experimentale, Universite de Lausanne, Suiza.
Duración 20 hs entre el 4 y 8 de marzo de 1996. Centro de Estudios e
Investigaciones, Universidad Nacional de Quilmes.
 Biología Molecular Computacional, a cargo del Dr. Martin Farach,
Rutgers University, USA. Duración: 15 hs entre el 21 y 26 de julio
de 1997, con evalucación. Escuela de Ciencias Informáticas.
Departamento de Computación, Facultad de Ciencias Exactas y
Naturales. Universidad Nacional de Buenos Aires. Aprobado.
 El fin de la ciencia y la biología evolucionista, dictado por el Dr.
R. Gómez de la Universidad de California; 16, 18, 19, 30 de junio y
2 y 3 de julio 1998, Facultad de Ciencias Naturales, Universidad
Nacional de La Plata.
 Hormonas: filogenia y evolución, a cargo del Dr. A. Stoka de la
Universidad de Cuyo, entre los dias 20 al 24 de julio de 1998,
Universidad Nacional de La Plata, Facultad de Ciencias Naturales y
Museo. Duración 30 hs con evaluación final.Aprobado.
 Evolución Molecular, a cargo de la Dra: Susana Rossi y el Dr. E.
Hasson. Universidad Nacional de Buenos Aires. 25 de septiembre – 11
de diciembre 1998. Duración 60 hs. Aprobado.
 Epistemología, a cargo del Prof. Dr. Pablo Lorenzano. Universidad
Nacional de Quilmes. 1˚ cuatrimestre 2002. Duración 76 horas.
Aprobado.
Internacionales
 Phylogenies and their uses, University of Glasgow, September 1-12,
1997.
 Computing Course, Human Genome Mapping Project Resource Centre
(HGMP), King’s College, London, 15-19 September 1997.
Antecedentes laborales en investigación y docencia
Investigación

1985 -1986 :
Aislamiento y tipificación de bacterias degradadoras de
hidrocarburos.
Directora: Dra. María T. Painceira
Cátedra de Microbiología General, Fac. Cs. Exactas, Universidad
Nacional de La Plata.
2

1989:
Purificación de una lectina de bazo de rata mediante técnicas de
cromatografía de afinidad y posterior caracterización
electroforética. Directora: Dra. Nilda Fink
Cátedra de Análisis Clínicos I, Fac. Cs. Exactas, Universidad
Nacional de La Plata.

1991:
Ensayos de purificación y caracterización de lipoproteínas de
molusco.
Director: Dr. Ricardo Pollero
INIBIOLP, Fac. Cs. Medicas, Universidad Nacional de La Plata.

1994 - 1997:
Estudio teórico-experimental de la interacción de los ácidos
nucleicos y la proteína N del virus Junín.
Director: Dr. Víctor Romanowski
Co - Director: Dr. Julián Echave
Centro de Estudios e Investigaciones, Universidad Nacional de
Quilmes.

1997 – Abril 1999:
Estudio teórico de procesos evolutivos
Director: Dr. Julián Echave
Centro de Estudios e Investigaciones, Universidad Nacional de
Quilmes.

Mayo 1999 -2006:
Integrante del Programa de Investigación de Dinámica y Organización
Temporal de Procesos Físicos, Químicos y Biológicos. Director: Dr.
Julián Echave Universidad Nacional de Quilmes. Código 53/B056. Mayo
1999-Abril 2006. Monto total: 301680 $.

Mayo 2004-2006:
Dirección del proyecto: “Modelos fisicoquímiciso de evolución
proteica: desarrollo y aplicación en biología computacional”.
Universidad Nacional de Quilmes.

2002-2005:
Integrante de proyecto: Efectos mutacionales sobre la estructura y
dinámica de proteínas. Aplicación a su rediseño natural y
artificial. ANPCyT-Universidad Nacional de Quilmes(PICT2000) 6/9538.
Monto total 150000$.

2005-:
Ingresante a Carrera de CONICET 2005 (Investigador Asistente).

2006-2007:
Co-director del Programa de investigación de Dinámica y Organización
Temporal de Procesos Físicos, Químicos y Biológicos. Universidad
Nacional de Quilmes. Código 53/B056, Monto total: 301680 $.
2007-:
Co-director del Programa Simulación de procesos moleculares de
relevancia fisicoquímica y biológica. Universidad Nacional de Quilmes.
Código 53/3003, Monto total (estimado 27200$). Abril 2007.

2008-:
Investigador Adjunto CONICET (1 de noviembre de 2008).
3
Docencia de Grado
 1-12-1984 al 1-3-1986: Ayudante Alumno Ad Honorem. Biología General.
Facultad de Ciencias Exactas, Universidad Nacional de La Plata.
 15-8-1991 al 1-6-1992: Ayudante Alumno Dedicación Simple,
Transitorio, Histología. Facultad de Ciencias Exactas, Universidad
Nacional de La Plata.
 1-5-1993 al 8-3-1994: Ayudante de Primera Dedicación Simple,
Transitorio. Química Biológica I. Facultad de Ciencias Exactas,
Universidad Nacional de La Plata.
 9-3-1994 al 1-4-1995: Ayudante de Primera Dedicación Simple,
Interino. Química Biológica I. Facultad de Ciencias Exactas,
Universidad Nacional de La Plata.
 1-8-1993 al 29-2-1996: Ayudante de Primera Dedicación Exclusiva,
Interino. Bioquímica II. Departamento de Ciencia y Tecnología,
Universidad Nacional de Quilmes.
 1-3-1996 al 31-7-1998: Instructor Grado 2 Dedicación Exclusiva,
Interino (Equivale a Jefe de Trabajos Prácticos). Accedido por
designación. Bioquímica II, Bioquímica especial. Departamento de
Ciencia y Tecnología, Universidad Nacional de Quilmes.
 1-8-1998 al 31-7-2002: Instructor Grado 3 Dedicación Exclusiva,
Interino (Equivale a Jefe de Trabajos Prácticos). Accedido por
designación. Química I, Informática I y II, Fisicoquímica
(ufq.unq.edu.ar). Departamento de Ciencia y Tecnología, Universidad
Nacional de Quilmes.
 Marzo-Abril 1998: Profesor, Física (Ciencias Naturales, Programa de
Reconversión Docente para el Tercer Ciclo de la E. G. B. ). Convenio
de la Universidad Nacional de Quilmes y Dirección General de Cultura
y Educación de la Provincia de Buenos Aires.
 Octubre-Diciembre 1998: Profesor, Química (Ciencias Naturales,
Programa de Reconversión Docente para el Tercer Ciclo de la E. G.
B.). Convenio de la Universidad Nacional de Quilmes y Dirección
General de Cultura y Educación de la Provincia de Buenos Aires
 1-8-2002 al 28-2-2003. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación
Exclusiva, Grado 3. Accedido por concurso con convocatoria publica.
Fisicoquimica, Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología.
Universidad Nacional de Quilmes.
 1-3-2003 al 28-2-2005. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación
Exclusiva Grado 5. Bioquímica I. Departamento de Ciencia y
Tecnología. Universidad Nacional de Quilmes.
 1-3-2005 al 31-7-2006. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación
Exclusiva Grado 7. Bioquímica I. Departamento de Ciencia y
Tecnología. Universidad Nacional de Quilmes.
4
 1-8-2006 – 1-7-2008. Profesor Adjunto Ordinario Dedicación Exclusiva
Grado A. Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología.
Universidad Nacional de Quilmes.
 Marzo 2007-Septiembre 2007. Jefe de Trabajos Practicos Dedicación
Simple, Interino. Accedido por designación. Bioquímica. Universidad
Nacional de La Plata.
 Septiembre 2007- Jefe de Trabajos Practicos Dedicación Simple,
Ordinario. Accedido por designación. Bioquímica. Universidad
Nacional de La Plata.
 1-7-2008 – Profesor Asociado Ordinario Dedicación Exclusiva.
Bioquímica I. Departamento de Ciencia y Tecnología. Universidad
Nacional de Quilmes
 1-3-2009 – Profesor Adjunto Interino Dedicación Simple.
Bioinformática. Facultad de Ciencias Exactas. Universidad Nacional
de La Plata.
Docencia de PosGrado
 Bioinformatica estructural de Proteinas. Participacion en el curso
“Expresion y purificacion de proteinas recombinantes de bacterias,
levaduras y plantas”. IBB-Intech-UNSAM. Septiembre 2006.
 Bioinformatica estructural de Proteinas. Universidad Nacional de Mar
del Plata, Facultad de Ciencias Exactas y Naturales-FIBA. 18-22 de
Septiembre de 2006. 42hs.
 Sobre la naturaleza del estado nativo de las proteinas. Taller.
Workshop “Bioinformática y Genómica: La aplicación en la Investigación
biológica”. Mar del Plata, 27 de Octubre 2006.
 Bioinformática estructural de Proteinas. Universidad Nacional de Quilmes.
1-5 de Octubre de 2007.
 Predicción funcional en proteínas usando métodos computacionales.
Taller teórico-práctico. Universidad Nacional de Mar del Plata 14 de
Marzo de 2008.
 “Bioinformática estructural de proteínas”. Participación en el curso
“Biología de Sistemas. Hacia una perspectiva integrada del
funcionamiento celular”, Facultad de Ciencias Exactas, UNLP, CABBIO
Noviembre-Diciembre 2008.
Estadias
Profesor Visitante. Departamento de Matematicas y Ciencias
Computacionales. Universidad de las Islas Baleares. NoviembreDiciembre 2006.
Breve visita Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biomediche.
Facolta’di Medicina e Chirurgia. Universita’di Udine. Enero 2007.
5
Breve visita al Centro de Biología Molecular "Severo Ochoa", (CSICUAM), Cantoblanco, Madrid, Espana. Enero 2007.
Estadía en el Departamento de Matemáticas y Ciencias Computacionales
de la Universidad de las Islas Baleares. Septiembre 2008.
Estadía en el Departamento de Matemáticas y Ciencias Computacionales
de la Universidad de las Islas Baleares. Octubre 2009.
Subsidios recibidos
“Divergencia de secuencia, estructura y dinámica en la evolución de
proteínas”, Co-director. PIP-Conicet 5464/05. 2005-2007. $68000
anuales.
“Blast à la carte”. Proyectos Internet 2. Universidad Nacional de
Quilmes. 2007. Director $ 4000
“Simulación de procesos moleculares de relevancia fisicoquímica y
biológica”. 2007-2011. Co-director. Universidad Nacional de Quilmes.
$68000 anuales.
“Alineamiento estructural de proteínas” Programa de Cooperación
InterUniversitaria (PCI)-AECI. A/011457/07 2007-2008. Director. $ 14500
Euros.
Organización de Eventos Científicos CIC: “Biología Computacional de
Proteínas”. Organizador Responsable. Septiembre 2008. 5000$.
Organización de Eventos Científicos UNQ: “Biología Computacional de
Proteínas”. Organizador Responsable. Diciembre 2008. 9000$.
“Alineamiento estructural de proteínas” Programa de Cooperación
InterUniversitaria (PCI)-AECI. A/019528/08. 2008-2009. Director. $
15800 Euros.
Viajes y Viáticos, 2009 UNQ. 4500$.
“Desarrollo de métodos computacionales para la evaluación de modelos
estructurales y predicción de estructura de proteínas.”. PIP CONICET
112-200801-02849. 2009-2011. Director. 36000$.
Organización de Eventos Científicos CONICET: “Biología Computacional y
Bioinformática”. Res. D. N 374 Organizador Responsable. Diciembre
2009. 10000$.
Organización de Eventos Científicos ANCyT: “Biología Computacional y
Bioinformática”. Organizador Responsable. Diciembre 2009. 2860$.
6
Becas y Premios recibidos
Travel fellowship ECCB 2005. 400 euros
Premios Banco Rio para Proyectos de Investigacion Cientifica para el
Desarrollo Regional. “Bases secuenciales, estructurales y dinámicas de
propiedades alergénicas de proteínas de alimentos”. 2006. $15000
anual.
Erasmus Mundus External Cooperation. Academic Staff mobility.
Universidad de Bologna, Italia. 2010.
Organización de Reuniones Científicas
Workshop en “Biología Computacional de Proteínas”. 16 y 17 de Abril de
2009. Universidad Nacional de Quilmes.
Primera reunión de la Sociedad Argentina de Bioinformática y Biología
Computacional. 12-14 de Mayo de 2010. Universidad Nacional de Quilmes.
Publicaciones
Internacionales con referato
Total de publicaciones: 23
Ultimos 5 años: 16
1. Parisi, G., Echave, J., Ghiringhelli, P., Romanowski, V.
Computational characterisation of potential RNA-binding sites in
arenavirus nucleocapsid proteins, Virus Genes, 13:3, 247-254, 1996.
2. Parisi, G., Fornasari, M., Echave, J. Evolutionary Analysis of 
Carbonic anhydrase and Structurally Related Proteins. Molecular
Phylogenetics and Evolution. 14: 3 323-334, 2000.
3. Parisi, G. and Echave, J. Structural constraints and emergence of
sequence patterns in protein evolution. Molecular Biology and
Evolution.18 (5): 750-756, 2001. (ISSN 0737-4038)
4. Fornasari, MS, Parisi, Gustavo and Echave J. Site-specific aminoacid replacement matrices from structurally constraind protein
evolution simulations. Molecular Biology and Evolution. 19(3):352356,2002. (ISSN 0737-4038).
5. Parisi, G., Fornasari, MS and Echave J. Dynactins P25 and p27 are
predicted to be LβH proteins. Febs Letters 562:1-4. 2004.
6. Parisi, G. and Echave J. The structurally constrained protein
evolution model accounts for sequence patterns of the LβH superfamily.
BMC Evolutionary Biology 4:41, 2004.
7. Parisi, G.,Perales, M., Fornasari, MS., Colaneri, A., GonzalezSchain, N., Gomez-Casati, D., Zimmermann, S., Brennicke, A., Araya,
A., Echave, J., Ferry, J. and Zabaleta, Z.Gamma carbonic anhydrase in
plant mitochondria. Plant Molecular Biology 55(2): 193-207, 2004.
8. Perales, Mariano,Parisi, Gustavo, Fornasari, María Silvina,
Colaneri, Alejandro, Villarreal, Fernando, González-Schain, Nahuel,
Gómez-Casati, Diego, Braun, Hans-Peter., Araya, Alejandro, Echave,
Julián, and Zabaleta, Eduardo. Gamma carbonic anhydrase like complex
7
interact with plant mitochondrial complex I. Plant Molecular Biology
2004 56:947-57.
9. Parisi, G and Echave, J. Generality of the Structurally Constrained
Protein Evolution model: assessment on representatives of the 4 main
fold classes. Gene 345(1):45-53,2005.
10.
Maguid, S, Fernández-Alberti, S, Parisi, G and Echave J.
Evolutionary conservation of protein backbone flexibility. Journal of
Molecular Evolution. 63(4):448-57. 2006. (ISSN 0022-2844)
11.
Palopoli, N, Busi, MV, Fornasari, MS, Gomez-Casati, D, Ugalde, R
and Parisi, G. Starch-synthase III family encodes a tamden of three
starch-binding domains. Proteins, Structure, Function and
Bioinformatics 2006 Oct 1;65(1):27-31, 2006. (ISSN 0887-3585)
12.
Di Rocco , F., Parisi G, Zambelli ,A, Vidal Rioja L. Rapid
evolution of cytochrome c oxidase subunit II in camelids (Tylopoda ,
Camelidae). Journal of Bioenergetics and Biomembranes. 38(5-6):293297. 2006. (ISSN 0145-479X)
13.
Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J.Quaternary structure
constraints on evolutionary sequence divergence. Molecular Biology
and Evolution, 24(2):349-51. 2007. (ISSN 0737-4038)
14.
Bassi, S, Gonzalez, V, Parisi, G. Computacional Biology in
Argentina. Plos Computacional Biology, Dec, 3(12): e257. 2007 (ISSN
1553-734X)
15.
Busi, MV, Palopoli, N, Valdez, H, Fornasari, MS, Gomez-Casati, D,
Parisi, G and Ugalde, R.Functional and structural characterization of
starch synthase III from Arabidopsis thaliana. Proteins, Structure,
Function and Bioinformatics. 70(1):31-40. 2008. (ISSN 0887-3585)
16.
Valdez A. ,Wayllace, N, Parisi, G, Busi, MV, Ugalde, R and
Gomez-Casati, D. Role of the N-terminal starch-binding domains on
kinetic properties of starch synthase III from Arabidopsis thaliana.
Biochemistry, 47(9):3026-32. 2008. (ISSN 0006-2960)
17.
Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J. Teaching non-covalent
interactions using protein molecular evolution.Biochemistry and
Molecular Biology Education, 36: 284-286. 2008 (ISSN 1470-8175).
18.
Valverde, C Livny, J and Parisi, G. Prediction and detection of
chromosomally encoded sRNAs in Sinorhizobium melilot. BMC Genomics,
9:416. 2008. (ISSN 1471-2164)
19.
Salem, T, Mazzella, M, Wengier, D, Motillo, V, Parisi, G and
Muschietti, J. Mutations in two putative phosphorylation motifs in the
pollen receptor kinase LePRK2 show antagonistic effects on pollen tube
length. En referato JCB September 2010.
20.
Noelia Foresi, Natalia Correa-Aragunde, Gustavo Parisi, Gonzalo
Caló, Graciela Salerno and Lorenzo Lamattina. First characterization of
a Nitric Oxide Synthase (NOS) from the plant kingdom: The NO
generation from the green alga Ostreococcus tauri is light irradianceand growth phase-dependent. Aceptado, Plant Cell, octubre 2010.
21.
Curciarello R, González V, Barrios I, Bruno Blanch L, Parisi G,
Fossati CA, Petrucelli S and Docena G. Cross reactivity between cow´s
milk proteins and the α subunit of soybean β-conglycinin:
identification of a fragment containing the responsible epitopes.
Enviado Febrero 2010.
22.
Juritz, E, Fernandez Alberti, S and Parisi, G. PCDB: a database
of protein conformational diversity. En referato NAR Agosto 2010.
23.
Juritz, E, Palopoli, N, Fornasari, S, Fernandez Alberti, S and
Parisi, G. Native state, conformational diversity and protein
evolution. Enviado PNAS Octubre 2010.
8
Sin referato
1. Fornasari, MS, Parisi, Gustavo, Echave, J. Substitution matrices
derived from structurally constrained protein evolution simulations.
Biocell, 25(Suppl.II) 2001.
2. Parisi, G and Echave, J. Fitting optimal selective pressure in
structural constrained protein evolution simulations. Biocell,
25(Suppl.II) 2001.
3. Colanari, A, Parisi, G, Perales, M, Fornasari, MS, Gonzalez-Schain,
N, Gomez-Casati, D, Brennicke, A, Araya, A, Echave, J and Zabaleta, E.
Biocell, 27(Suppl. I). 2003.
4. Parisi, G, Fornasari, MS and Echave, J. Dynactins p25 and p27 would
be LBH proteins. Biocell, 27 (Suppl. I) 2003.
Conferencias y presentaciones orales
 “Evolución de proteínas”. Current issues in molecular dynamics and
structure. Workshop. 14-15 de noviembre 1998. Universidad Nacional de
Quilmes.
 “Estructura y evolución de proteinas”. 15 de diciembre 1999.
Primeras Jornadas de Tesistas de posgrado de la Universidad Nacional
de Quilmes.
 “Evolución de proteínas: desarrollo y aplicaciones”. Jornadas
ProTiT. Octubre 2005. Universidad Nacional de Quilmes.
 “Bioinformática estructural de proteinas”. Junio 2006. IMBICE. CICCONICET.
 “Protein structure diversity and sequence divergence during
evolution”. 3DSIG Meeting. ISMB Fortaleza, Brazil 4 de Agosto 2006
 “Evolución molecular y algunas de sus aplicaciones
Bioinformáticas”. Workshop “Bioinformática y Genómica: La aplicación
en la Investigación Biológica”. Universidad Nacional de Mar del Plata,
27 de Octubre 2006.
 “SCPE: Un modelo de evolucion con restricciones estructurales”.
Departamento Mathematics and Computer Science. University Balearic
Islands. Ed. Anselm Turmeda Campus UIB. Palma de Mallorca. Espana.
 “Structurally constrained protein evolution (SCPE): a model of
protein evolution and some of its bioinformatic applications”.
Dipartimento di Scienze e Tecnologie Biomediche. Facolta’di Medicine e
Chirurgia. Universita’di Udine. Udine. Italia. 10 de Enero 2007.
 “Bioinformática estructural de proteínas”. INTA. 16 de Julio de
2007.
 “Bioinformática estructural y evolucion de proteínas”. Taller de
Bioinformática, XI Congreso de Microbiologia. 12 de Octubre de 2007.
 “Bioinformatics applications using evolutionary and structural
biology information”. Scientific Workshop of Argentine-Germany
Cooperation in Plant Sciences. Buenos Aires, Diciembre 3-5. 2007.
 “Assessing conformational diversity in proteins using evolutionary
information”. 3DSIG. Estocolmo, 27-28 de Junio de 2009.
 “The roles of protein structures in molecular evolution”. Workshop
Internacional. Bridging the gap…Darwin: From molecule to cultural
implications. CCT, Bahia Blanca, Octubre 10-12, 2009.
9
 “Evolución y diversidad conformacional en proteínas. Uso de la
información evolutiva para seleccionar modelos estructurales”.
IFLYSIB, Diciembre 2, 2009.
 “Estado nativo, diversidad conformacional y evoluvión de proteinas
Primera Reunión Sociedad Argentina de Bioininformatica y Biologia
computacional, Mayo 12-14 Bernal. 2010.
 “Native state, conformational diversity and protein evolution”. 29
de Septiembre Universidad de Montreal. Canada. 2010.
 “Native state, conformational diversity and protein evolution”. 26
de Octubre Universidad de Padova. Italia. 2010.
Comunicaciones a Congresos
Total de publicaciones: 60
Ultimos 5 años: 43
1. Caracterización teórica de un potencial sitio de interacción con el
RNA de la proteína N del Virus Junín, Parisi, G., Echave, J., 15-18 de
Noviembre de 1995. Reunión anual de la Sociedad Argentina de
Investigación en Bioquímica y Biología Molecular (SAIB).
2. Computational characterization of a new potential RNA-binding site ,
Parisi, G., Echave, J., June 17-21, 1996. International symposium on
theoretical and experimental aspects of protein folding. Universidad
Nacional de San Luis.
3. Using structural information to improve phylogenetical signal,
Parisi, G., Fornasari, M., and Echave J. 17 th Meeting of the Willi
Hennig Society 1998. University of Sao Paulo, September 21-25, 1998.
4. DNA vs protein maximum likelihood phylogenetic inference, Fornasari,
M., Parisi, G., Echave, J. 17 th Meeting of the Willi Hennig Society
1998. University of Sao Paulo, September 21-25, 1998.
5. Análisis evolutivo del plegamiento LH. Parisi, G, Fornasari, M y
Echave, J. XXXIV Reunión Anual Sociedad Argentina de investigación en
Bioquimica y Biologia Celular. 25-27 de noviembre de 1998. Mendoza.
6. Comparación de métodos de inferencia filogenética por máxima
verosimilitud para DNA y proteinas. Fornasari, M, Parisi, G, y Echave,
J. XXXIV Reunión Anual Sociedad Argentina de investigación en
Bioquimica y Biologia Celular. 25-27 de noviembre de 1998. Mendoza.
7. Desarrollo de un modelo de evolución molecular con base estructural.
Parisi, G., Fornasari, M. y Echave, J. XXXV Reunión Anual Sociedad
Argentina de Investigacion en Bioquímica y Biología Celular. 9-13 de
noviembre de 1999. Mendoza.
8. Substitution matrices derived from structurally constrained protein
evolution simulations. María Silvina Fornasari, Gustavo Parisi and
Julian Echave. XXXVII Annual Meeting of the Argentine Society for
Biochemistry and Molecular Biology Research, November 20-23, 2001,
Villa Carlos Paz, Córdoba.
9. Site dependent amino acid evolutionary substitution matrices.
Fornasari, M. Parisi, G. and Echave, J. XIV Internacional Biophysics
Congress april 27-May 1, 2002, Buenos Aires.
10. Structurally constrained protein evolution simulations of lefthanded beta helix superfamily members. Parisi, G. and Echave, J. XIV
Internacional Biophysics Congress april 27-May 1, 2002, Buenos Aires.
10
11. Gamma carbonic anhydrases in plant. Parisi, G.,Perales, M.,
Fornasari, MS., Colaneri, A., Gonzalez-Schain, N., Gomez-Casati, D.,
Zimmermann, S., Brennicke, A., Araya, A., Echave, J., Ferry, J. and
Zabaleta, Z. European Conference on Computational Biology. September
27-30, 2003, Paris, Francia.
12. Gamma carbonic anhydrases in plant mitochondrial complex I.
Colaneri, A., Parisi, G., Perales, M., Fornasari, M., Gonzalez-Schain,
N., Gomez-Casati, D., Brennicke, A., Echave, J. and Zabaleta, E.
Argentine Society fro Biochemistry and Molecular Biology XXXiX annual
meeting, and Biophysical Society of Argentina, XXXII annual meeting,
San Carlos de Bariloche, Argentina, November 17-21, 2003.
13. Dynactins P25 and P27 would be LBH proteins. Parisi, G,
Fornasari, M., Echave, J. Biology XXXiX annual meeting, and
Biophysical Society of Argentina, XXXII annual meeting, San Carlos de
Bariloche, Argentina, November 17-21, 2003.
14. Generality of the Structurally Constrained Protein Evolution
model, G. Parisi and J. Echave, Workshop on “Structural Approaches to
Sequence Evolution”, Dresden, Germany. July 2004.
15. Dos nuevas proteínas LBH interactúan con gCAs en el complejo I
mitochondrial. Perales, Mariano,Parisi, Gustavo, Fornasari, María
Silvina, Colaneri, Alejandro, Villarreal, Fernando, González-Schain,
Nahuel, Gómez-Casati, Diego, Braun, Hans-Peter, Araya, Alejandro,
Echave, Julián, and Zabaleta, Eduardo. XXV Reunión Argentina de
Fisiología Vegetal. Santa Rosa, La Pampa. 22 al 24 de septiembre de
2004.
16. Estructura cuaternaria y simulacion de la evolución molecular
proteica. Fornasari, MS, Parisi, Gustavo y Echave, J. Congreso
conjunto de Sociedades Biomédicas, Sociedad Argentina de Biofísica.
Mar del Plata 10-16 de Noviembre 2004.
17. Aplicación de un modelo de evolución molecular con base
estructural (SCPE) a proteínas pertenecientes a distintas clases
estructurales. Parisi, G y Echave J. Congreso conjunto de Sociedades
Biomédicas, Sociedad Argentina de Biofísica. Mar del Plata 10-16 de
Noviembre 2004.
18. Conservación evolutiva de la dinámica de proteínas. Maguid S.,
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Física, Asociación Física Argentina. La Plata, Argentina, 26 al 29 de
septiembre de 2005.
19. Dinámica vibracional colectiva en proteínas homólogas. Maguid S.,
Fernández Alberti S., Parisi G. y Echave J., XXXIV Reunión Anual de
la Sociedad Argentina de Biofísica. Villa Carlos Paz, Córdoba,
Argentina, 24 al 26 de noviembre de 2005.
20. Quaternary structure information in a protein molecular evolution
model increases phylogenetic reliability. Fornasari, MS, Parisi, G and
Echave, J. European Congress on Computational Biology (ECCB) Madrid
Septiembre 28-Octubre 1. 2005.
21. Modeling sequence divergence using protein quaternary structure
information. Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J. German Conference
on Bioinformatics, Hamburgo, Alemania. Octubre 5-7, 2005.
22. Biochemical characterization of Starch synthase III from
Arabidopsis thaliana . Busi, M.V., Palopoli, N., Valdez, H.,
Fornasari, M.S., Gómez-Casati, D., Parisi, G.and Ugalde, R.. SAIB,
Pinamar 3-6 diciembre 2005.
23. Juritz, E , Colaneri, A and Parisi, G. Detection of helixhairpin-helix dna glycosylase proteins in plants. SAIB, Pinamar 3-6
diciembre 2005.
11
24. Starch-synthase III family encodes a tandem of three starchbinding domains Palopoli, N., Busi, M.V.,Fornasari, M.S., GómezCasati, D., Ugalde, R., Parisi, G.. SAIB, Pinamar 3-6 diciembre 2005
25. Fornasari, MS, Parisi, G and Echave, J. Evolución molecular en la
enseñanza de interacciones no-covalentes en proteínas. SAB, Villa
Carlos Paz, Córdoba, 24-26 de Noviembre 2005.
26. Parisi, G, Fornasari, MS and Echave, J. Evaluación de potenciales
de contacto para la simulación de la divergencia evolutiva en
proteínas. SAB, Villa Carlos Paz, Córdoba, 24-26 de Noviembre 2005.
27. Palopoli, N, Juritz, E and Parisi, G. 3D model quality assessment
using a structurally constrained model of protein evolution. RECOMB
2006. Venice, Italy, April 2-5. 2006.
28. Fornasari, MS and Parisi, G. Conformational diversity and
evolutionary sequence divergence of proteins. RECOMB 2006. Venice,
Italy, April 2-5. 2006.
29. Palopoli, N, Juritz, E, Gomez-Casati, D and Parisi G. 3D Model
quality evaluation using evolutionary information. ISCB 2006.
Fortaleza, Brazil. 5-10 Agosto 2006.
30. Fornasari, MS and Parisi, G. Conformational diversity and
evolutionary sequence divergence of proteins. ISCB 2006. Fortaleza,
Brazil. 5-10 Agosto 2006.
31. Kalstein, A, Maguid, S, Parisi,G and Fernandez Alberti, A.
Flexibility adaptation of enzymes to low temperatures. ISCB 2006.
Fortaleza, Brazil. 5-10 Agosto 2006.
32. Maguid, S, Parisi, G, Fernandez Alberti, S and Echave, J.
Sequence-structure-flexibility relationship in protein evolution. ISCB
2006. Fortaleza, Brazil. 5-10 Agosto 2006.
33. Busi, MV, N Palópoli, HA Valdez, MS Fornasari , D Gómez-Casati, G
Parisi y RA Ugalde. Caracterización funcional de Starch Binding
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Chascomús 2006.
34. Fornasari, MS y Parisi G. Influencia de la diversidad estructural
del estado nativo de una proteína en el estudio de su divergencia
secuencial. Segundas Jornadas Iberoamericanas de Bioinformatica. 5 y 6
de diciembre de 2006 - Hotel Panamericano Buenos Aires
35. Palopoli,N, Juritz, E, Busi, MV, Gomez-Casati, D y Parisi, G.
Evaluación y selección de modelos proteicos estructurales utilizando
información evolutiva. Segundas Jornadas Iberoamericanas de
Bioinformatica. 5 y 6 de diciembre de 2006 - Hotel Panamericano Buenos
Aires
36. Parisi, G, Fornasari, MS y Salerno, G. Predicción y evaluación de
modelos estructurales de la enzima sacarosa fosfato sintasa por
métodos evolutivos. Segundas Jornadas Iberoamericanas de
Bioinformatica 5 y 6 de diciembre de 2006 - Hotel Panamericano Buenos
Aires.
37. Palopoli, N; Juritz, E.,Busi, MV, Gómez-Casati, D; Parisi, G; 3D
Model quality assessment using evolutionary information. Global
Dialogues on Emerging Science and Technology (GDEST)Conference on
Bioinformatics Petrópolis. Brazil 12-15 de Noviembre. 2006.
38. Valdez, H, Wayllace, N, Parisi, G, Ugalde, R, Busi, MV y Gomezcasati, D. Characterization of starch synthase III from A. Thaliana.
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39. Alomar,L, Wayllace, N, Palopoli, N, Valdez, H,Ugalde, R, Parisi,
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ssiii-sbd to glycogen, starch and its components. SAIB Rosario,
Noviembre 2006.
12
40. Fornasari, MS and Parisi, G. Evolutionary information allows the
selection of native-like oligomeric structures. ECCB, Viena, Austria
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41. S. Maguid, S. Fernández-Alberti, G. Parisi and J. Echave,
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Biophysical Society. Montevideo, Uruguay, 27 al 31 de agosto de 2007.
42. S. Maguid, G. Parisi y S. Fernández Alberti, Aplicación de un
modelo elástico al cálculo de dinámica de proteínas: Movimientos
conservados en la evolución biológica. 92da Reunión Nacional de
Física, AFA 2007. Salta, Argentina, 24 al 28 de septiembre de 2007.
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de Noviembre de 2007.
44. HA, Valdez, NZ, Wayllace, G, Parisi, RA, Ugalde, D, Gomez-Casati
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on the kinetics of starch synthase III. XLIII Reunion Annual de la
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Molecular. Mar del Plata 17-20 de Noviembre de 2007.
45. C, Valverde, G, Parisi, and Livny, J. Prediccion de pequenos ARNS
no codificantes en las regiones intergenicas cromosomales de
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Instituto Leloir. Bs As.
46. R, Curciarello,V, González, G, Parisi, S, Petruccelli, G, Docena.
Identificación de secuencias involucradas en la reactividad cruzada
entre proteínas de soja y de leche bovina por métodos inmunoquímicos y
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Biotecnología Agropecuaria (REDBIO/FAO).Viña del Mar y Valparaíso,
Chile, 22-26 de octubre de 2007.
47. R, Curciarello,V, González, G, Parisi, S, Petruccelli, G, Docena.
Analisis inmunoquimico y computacional de la reactividad cruzada entre
caseinas de leche bovina y proteinas de soja. Reunion cientifica de la
Sociedad Argentina de Investigaciones Clinicas, Sociedad Argentina de
Inmunologia y Sociedad Argentina de Fisiologia. 21-24 de noviembre de
2007, Mar del Plata. Bs. As.
48. Parisi, G, Rocha, J, Llabrés, M, Rossello, F. Characterization of
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Bioinformática Estructural y Biofísica Computacional; Toronto Canada.
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extension of protein conformational diversity". 3D-SIG, Encuentro
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Systems for Molecular Biology (ISMB) sobre Bioinformática Estructural
y Biofísica Computacional; Toronto Canada. Julio 2008.
51. Juritz E., Fernández Alberti S. y Parisi, G. "Conformational
diversity modulates protein sequence divergence". Encuentro satellite de
13
XVI Annual International Conference on Intelligent Systems for
Molecular Biology (ISMB) sobre Bioinformática Estructural y Biofísica
Computacional; Toronto Canada. Julio 2008.
52. L. Sanjurjo, C. Rocha, S. Maguid, G. Parisi, y S. FernandezAlberti. Protein Alignment based on Collective vibrational dynamics.
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54. Valverde C., Sobrero, P., Agaras, B., Parisi, G., Heeb, S. &
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rhizobacteria”. xxxvii Reunión Anual sbbq y xi Congreso PABMB, águas
de Lindóia, São Paulo, Brazil. 17-20 Mayo 2008. Comunicación oral.
55. Valverde, C., Parisi, G. & Livny, J. “Prediction and detection of
chromosomally encoded small non coding RNAs in Sinorhizobium
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Argentina. Aceptado para Comunicación oral.
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57. Palopoli, N, Ezequiel J, Fernandez Alberti, S and Parisi Gustavo.
Assessing conformational diversity in proteins using evolutionary
information. ISMB. Aceptado Poster y presentación oral en 3dSIG.
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58. Valdez, H.A.; Wayllace, N.Z.; Parisi, G.; Ugalde, R.; GomezCasati, D.F. and Busi, M.V. Regulatory role of the N-terminal starch
binding domains on the kinetics of starch synthase III”, Deficiency of
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(Brazilian Biochemistry and Molecular Biology Society , San Pablo,
Brazil, 2009.
59. Docena GH, Candreva A,Curciarello R, González V, Bruno Blanch L,
Parisi G, Fossati CA, Petrucelli S. Cloning, expression, and
characterization of tour soy allergens that cross react with bovine
caseins. XXI World Allergy Congreso 2009, 6 ál 10 de diciembre de
2009. Ciudad Autónoma de Buenos Aires.
60. Palopoli N, Juritz E, Fernandez Alberti S, Parisi G. Quality
assessment of protein structure models using evolutionary information.;ISCB
Latin America Conference (ISCB-LA); Montevideo, Uruguay. Marzo 2010.
61. Fornasari, MS, Juritz, E, Pierdominici, G, Fernandez Alberti, S,
Roitberg, A and Parisi, G. Anatomy of structural constraints on
protein evolution. 3DSIG, 10-11 July 2010. Boston, USA.
62.
Juritz E, Palopoli N, Fernandez Alberti S, Parisi G; Distribution and
extension of conformational diversity on proteins domains. XVIII Annual
International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB).
10-11 July 2010. Boston, USA
Formación de Recursos Humanos
Dirección de Pasantes:
14
Director del proyecto “Desarrollo de kits diagnósticos de deteccion
monomolecular en bioquímica clínica”. Dirección del pasante Jorge
Montanari (Marzo 2003-Agosto 2004).
Dirección de Tesinas
Nicolas Palopoli: “Reconocimiento de estructuras nativas de proteinas
utilizando un modelo evolutivo con base estructural”. Diciembre de
2005.
Ezequiel Juritz: “ Estudio evolutivo y estructural de DNA-glicosilasas
en plantas”. 22/2/2006. CD CyT 039/05
Viviana Motillo: “Estructura y evolución de los mecanismos de
regulación de la proteína LePRK2”. Julio 2010. CDE CyT 08/010. Inicio
Agosto 2010
Co-Dirección de Tesinas
Guillermina Casabona: “Hemoglobinas transportadoras de SH_2 : Efectos
de cambios en la dinámica del sitio activo sobre la afinidad por el
ligando”. Junio 2008. CD043/06
Dirección de Doctorados
Nicolas Palopoli. “Almidón sintasas: evolución molecular y análisis
estructural”. Beca ANPCyT 13926 (4/2006-3/2008). Universidad Nacional
de Quilmes. Exp N 028/06 del 16/08/2006. Beca Conicet Tipo II (3/20083/2010).
Ezequiel Juritz. “Caracterización estructural de proteínas por métodos
evolutivos”. Beca Universidad Nacional de Quilmes Marzo 2006-2009.
Universidad Nacional de Quilmes. Exp N 044/06 del 20/12/2006. Beca
Tipo II CONICET. Abril 2010.
Virginia Gonzalez. ”Caracterización secuencial, estructural y dinámica
de proteínas alergenicas”. Universidad Nacional de Quilmes. 23/4/2007.
Diego Zea. “ Predicción, extension y distribución de la diversidad
conformacional en proteínas”. Universidad nacional de Quilmes. Beca
Tipo I CONICET. Abril 2010.
Co-Dirección de PostDoctorados
Mongiardini, Elias. “Estudio estructural y funcional del posible dedo
de zinc (zinc finger) blr3068 y su rol en la regulación de la síntesis
de exopolisacárido en Bradyrhizobium japonicum”. Beca Posdoctoral
CONICET, 2009-2011. Terminó 30-10-2009.
Torres, Leticia. “Evolucion molecular de la Sacarosa Sintasa”, Beca
Posdoctoral CONICET, 2009-2011. Terminó 30-04-09.
Cargos de Gestión
Consejero Departamental Centro de Estudios e Investigaciones.
2005 y continúa.
Febrero
Miembro Comisión Asesora de Servicios y Consultorías del Programa de
Transferencia e Innovación Tecnológica. Universidad Nacional de
Quilmes. Octubre de 2004 y continúa.
15
Desarrollos
Base de datos de proteínas con diversidad conformacional
http://pcdb.unq.edu.ar
Actividades de Transferencia
Dirección de la “Unidad de Bioinformática” como Unidad Ejecutora
dentro del ProTiT, Universidad Nacional de Quilmes. Esta unidad está
dedicada a la prestación de servicios bioinformáticos a terceros.
Otros antecedentes
Evaluador Externo: Evaluación de pares INTA, CONICET, FONDECYT.
Jurado de Tesis doctorales
Sintesis y caracterización de 2’-C-metilnucleósidos en aplicaciones de
silenciamoiento génico. Lic. Rodrigo Pontiggia, Director. Adolfo
Iribarren 6 de noviembre 2009. UBA.
Caracterización bioquímica y biofísica de la proteína transportadora
de esteroles de la levadura Yarrowia liplytica. Noelia Burgardt.
Director. Marcelo Ceolín. UNQ.
Estudio molecular y evolutivo del gen de la glucoproteina G del virus
Sincicial respiratorio y su relación con la circulación local y global
en un periodo de seis años. Lic Mariana Viegas. Directora Alicia
Mistchenko. 24 de Junio de 2010. UNLP.
Statistical potentials for evolutionary studies. Lic Claudia Keinman.
Director Herbbe Philipe. 28 de Septiembre de 2010. Universidad de
Montreal. Canada.
Jurado de Tesinas





María Jimena Prieto. “Benznidazol libres y liposomal: su
interacción con plasma y distribución en proteinas plasmáticas”.
Seminario de Investigación. Noviembre 2003. UNQ
Matías Nobile. “Producción de robo y 2-desoxirribonucleósidos de
benzimidazol mediante transglicosidaciones biocatalizadas”.
Seminario de Investigación. 2004. UNQ
Julieta, Panero. “Preparación de nucleósidos parcialmente
acilados mediante reacciones biocatalizadas por células enteras
de microorganismos”. Seminario de Investigación. Febrero 2005.UNQ
Capello, Mariana. “ Reacciones de hidrólisis enzimática de
carbonatos derivados de nucleósidos empleando hidrolasas”. Agosto
2005. UNQ
Fabian Romano Chernac. “Clonado y expresion del gen Z de virus
Junin”. Agosto 2006. UNQ
16




Nadia Innamorato. “Aislamiento, caracterizacion y diferenciacion
neuronal de celulas stem mesenquimales provenientes de sangre de
cordon umbilical humana”. Agosto 2006. UNQ
Diego Ferrero.”Agregación de la 2-Cys Prx mediante ATP/Mg2++”.
Marzo 2008. UNQ
Elin Teppa. “Modelo teorico de la estructura tridimensional de la
proteína X del virus de la hepatitis B”. Junio 2009.
Lucila Sanjurjo. “Alineamiento de movimientos vibracionales para
el estudio evolutivo de las dinámicas de proteínas”. Noviembre
2009. UBA
Miembro de Sociedades Científicas
Sociedad Argentina de Bioinformática y Biología Computacional
Sociedad Argentina de Biofísica
International Society for Computacional Biology
Participación como revisor en publicaciones
Journal of Physical Chemistry, BMC Structural Biology, Symbiosis
Idiomas
Inglés
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