Indexation génomique

1
PROYECTO GENOMIA
RE-CALCUL DES EVALUATIONS
GENOMIQUES LATXA ET
« INTERNATIONAL »
Pau, 22/03/2012
Andrés Legarra, Eva Ugarte, (Guillaume Baloche,
Francis Barillet)
INRA Toulouse
2
Ce qu’on devait faire
1.
Pseudo-Single Step en Latxa (DYD de carneros
genotipados y NO genotipados)
• Fait (avec un erreur corregible)
2.
Usar DYDs como referencia en lugar de EBVs
(evaluaciones)
• Fait
3.
Usar modelo multicaracter para valoracion
« internacional » de Manech
• Fait
4.
Calculo de correlacion genética entre razas (MTR y
LCR)(MTN y MTNNAF)
• Fait
3
Traitement de génotypes
• Traitement de phenotypes (DYD = production moyenne
des filles, corrigées)
•
•
J’ai refait (février 2013!) TOUT le traitement des
évaluations Latxa et Multi-raciale
4
Pertes
•
En Latxa
• 1280 beliers genotypés:
• Individual Call Rate > 90% (SNP genotipados / SNPs totales):
• 578 carneros con CR <90% : abandonados
• 10 carneros duplicados (numeros iguales, ADN diferente)
• 35 carneros con raza incorrecta (ACP)
•
• Finalement:
• 625 beliers correctement genotypés
• 279 LCN Eus,
• 206 LCR,
• 173 LCN Na
• Voici le détail par an (genotypés / non genotypés parmi tous les béliers
evalués en Latxa -> avec filles)
5
6
7
8
•
Pour comparer:
9
Pérdidas
SNPs descartados:
• SNP call rate <97%, p-value Hardy-Weinberg <10-6, SNP
posicionado correctamente en SheepHapMap
•
• 42655 SNPs
•
Entra dentro de lo normal
10
Union de genotipos
Latxa + Manech (TR & TN) + BB (+ Lacaune)
• Se retienen los marcadores que son polimorficos en el
conjunto de las 7 poblaciones
• 38287 marcadores
•
11
Pérdidas
Tratamiento de fenotipos
• Fenotipo: Leche ordeñada (lait à la traite, en LITRES (FR
en decilitres))
•
• Eva Ugarte genera los DYD a partir de las valoraciones BLUP:
DYD + precision (« equivalent daughter contribution »)
• Je me suis trompé avec la généalogie: on n’a pas utilisé tous les
individus NON-genotypés
• Seulement les DYD des genotypés + ses ancêtres (génotypés ou pas)
• Il a qqs trous, possiblement dans les générations anciennes
• Possible source d’erreur (on verra demain !)
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Valoraciones intra raza Latxa
• 631 (436 non genotyped + 195 genotyped) LCN EUS
• 663 (458 non genotyped + 195 genotyped) LCR
• 358 (267 non genotyped + 91 genotyped) LCN NAF
• Método: pseudo-Single Step GBLUP
• Validacion « cruzada » seulement sur les beliers génotypés
LCNEUS
LCR
LCNNAF
# beliers
edc moyen
« training »
(genotypés + non
genotypé)
144+421
# beliers
« validation »
(genotypés ou
pas)
edc moyen
69
51
13
148+445
56
47
25
67+255
54
24
17
13
(Pseudo-)Single Step
Extension du GBLUP
Avec la généalogie, diffuse l’information génomique des individus
génotypés aux non-genotypés
non genotyped
" H11 H12 # " A11 + A12 A !221 (G ! A 22 ) A !221 A 21
H= $
=$
%
!1
H
H
GA
& 21
22 '
&
22 A 21
A12 A !221G #
%
G '
genotyped
X #Z % $ bˆ % $ X #y %
$ X #X
& Z#X Z#Z + ! H "1 ' & ˆ ' = & Z#y '
(
) (u) (
)
Généalogie
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Evaluation génétique
« Reduced data set »
2008
f()
« Full data set »
Predicciones con la
informacion de 2008
« Verdad » después de las
pruebas con hijas en 2012
Precision: correlacion entre las dos
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Valoraciones Latxa
Générations de Validation Latxa: 2008 + 2009
• On compare DYD « observé » (avec filles) contre DYD
«predit » (avec pedigree seul ou pedigree+ génomique)
• Ecart type calculé par méthodes numériques
(« bootstrap »)
•
•
J’ai refait les évaluations MTR/MTN/BB (pour comparer
facilement)
• Validation MTR/BB: 2007-2008
• Validation MTN: 2006-2007
16
Valoraciones Latxa
•
Manech/BB utilise la validation « 1103 » (fin 2011) pour
créer les DYD’s
• Méthode légèrement optimiste
• Ce n’est pas le recommandé mais ça permet de comparer avec
Latxa
• Cela donne des résultats très similaires aux résultats de G Baloche
(qui sont plus exactes)
•
Latxa utilise la validation « août 2012 » fait par Eva
• Si non, trop peu d’information
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Pruebas genomicas Latxa puraescala DYD
Indice de
pedigri
LCN EUS
Genomico
Diferencia
# animales
en validacion
-0.09±0.09
51
0.23±0.19
-0.03±0.21
0.15±0.21
0.20±0.16
0.21±0.10
47
LCN NAF
0.36±0.21
0.40±0.20
0.04±0.10
24
BB
0.41±0.11
0.46±0.10
0.05±0.06
87
MTN
-0.02±0.16
0.23±0.13
0.24±0.17
56
MTR
0.26±0.07
0.39±0.05
0.14±0.05
293
LCR
1. Evaluations génomiques plus précises en LCR, LCN
NAF
2. Moins précises en LCN EUS????
1. Problème des données?
3. Résultats réconfortants car + similaires à Manech/BB
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Pruebas genomicas Latxa pura:
precision
Indice de
pedigri
LCN EAE
LCR
LCN NAF
Genomico
0.23±0.19
-0.03±0.21
0.15±0.21
0.20±0.16
0.36±0.21
0.40±0.20
Diferencia
# animales
en validacion
-0.09±0.09
51
0.21±0.10
47
0.04±0.10
24
escala DYD
Très incertain
La structure de famille de la cohorte rentre dans la capacité à
differencier les animaux (il est +simple avec demi-cousins qu’avec
demi-frères)
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Parenté moyen de la validation
LCN EUS
LCR
# animales Coeff
Couples
Couples
en
parenté
parenté >= parenté
validacion /
0,5
0,49-0,25
couples
totales
51 / 2550
158
0,10
1
47 / 2162
0,02
0
28
Couples
parenté
0,24 –
0,125
237
1
24 / 552
0,05
1
14
17
BB
87 / 7482
0,09
1
178
369
MTN
56 / 3080
0,09
0
100
79
MTR
293 / 85556
0,05
1
1208
731
LCN NAF
20
Union de genotipos
Latxa + Manech (TR & TN) + BB + Lacaune
• Se retienen los marcadores que son polimorficos en el
conjunto de las 7 poblaciones
• 38287 marcadores
•
21
Un résultat de GENOMIA
0.03
0.04
PCA of 7 dairy sheep breeds
BB
0.01
LCN-NA
-0.01
0.00
LCN-EUS
LCR
Lacaune
-0.02
PC 2
0.02
MTN
MTR
-0.01
0.00
0.01
PC 1
0.02
22
Valoraciones « internacionales »
•
Esto confirma:
• Que MTR y Latxa Cara Rubia estan muy conectadas
• Que MTN, LCN_Na y LCN_Eus estan un poco conectadas
•
Tres evaluaciones « pequeñas »:
• LCR + MTR
• LCN_Naf + MTN
• LCN_Naf + LCN_Eus + MTN donne des résultats surprenants, à
travailler encore
•
Correlations génétiques testées: 0,5 (estimée par REML)
et 0,95 (hypothèse races idéntiques)
• Optimum:
• 0,5 pour LCR/MTR
• 0,95 pour MTN/LCNNAF
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Pruebas genomicas Latxa
Indice de pedigri
LCN EAE
Genomico
« solo »
Genomico
« internacional »
Corr=0,95
0.23±0.19
-0.03±0.21
0.15±0.21
0.20±0.16
0.19±0.16
LCN NAF
0.36±0.21
0.40±0.20
0.43±0.20
BB
0.41±0.11
0.46±0.10
MTN
-0.02±0.16
0.23±0.13
0.29±0.12
MTR
0.26±0.07
0.39±0.05
0.39±0.05
LCR
MTR, LCR pas de gain (rappel: les béliers LCR fils de MTR récents ne
sont pas encore là)
MTN, LCNNAF gains de ~ 0,03 à 0,06 en précision
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Conclusions:
• A vérifier avec la généalogie correcte !!
• Résultats + logiques qu’en Novembre 2012
• Augmentation significatif (au sens statistique) de la précision
en MTR, LCR (0,10 – 0,20)
• Augmentations intéressants en BB, MTN, LCNNAF
• LCNEUS résultats rares, (mes) erreurs encore possibles
• Toutes les populations bénéficient du « Single Step » car
compense l’absence de génotypes
• Petit intérêt à une évaluation génomique internationale… mais
devra-t-on la faire en MTR/LCR au vu des échanges?