Programa completo - Laboratorio de Fisicoquimica Biologica
Transcripción
Programa completo - Laboratorio de Fisicoquimica Biologica
Fundamentos y aplicaciones biológicas de la espectroscopía de fluorescencia Curso de posgrado PEDECIBA 26 de agosto al 19 de setiembre de 2008 Lab. Fisicoquímica Biológica1, Facultad de Ciencias, Unidad Bioquímica y Proteómica Analíticas, y Plataforma de Biología Estructural2, Instituto Pasteur de Montevideo Docente responsable: Dra. Ana Denicola1 Docente extranjero invitado: Dr. Luis González-Flecha (Facultad de Farmacia y Bioquímica, Universidad de Buenos Aires) Docentes colaboradores: MSc. Horacio Botti2 MSc. Bruno Manta2 MSc. Matías Möller1 Docentes invitados: Dra. Noel Alvarez (Fac. Medicina) Dra. Mariela Bollati (Instituto Pasteur) Dr. Gustavo Brum (Fac. Medicina) MSc. Gonzalo Greif (Instituto Pasteur) Dr. Sergio Pantano (Instituto Pasteur) Dr. Flavio Zolessi (Fac. Ciencias) Carga horaria: clases Teóricas, Seminarios, clases Prácticas, y Conferencias por invitados. (62 horas totales) más evaluación final global escrita. Se evaluará la presentación de seminarios, la participación en las actividades prácticas y el examen final. Cronograma general 26/08-29/08 Semana 1 16:00-17:30 17:45-19:00 25 L --- 26 M T1 T1 27 M T2 T3 28 J T4 T5 29 V S1 S2 1/09-5/09 Semana 2 16:00-17:30 17:45-19:00 1 L T6 S3 2 M T7 S4 3 M Conf.1 4 J T8 T9 5 V S5 S6 8/09-12/09 Semana 3 9:00-13:00 8 L G1/P1 (FC) G2/P1 (IP) G3/P1 (FC) G4/P1 (IP) 9 M G1/P4 (FC) G2/P3 (IP) G3/P4 (FC) G4/P3 (IP) 10 M G1/P3 (IP) G2/P4 (FC) G3/P3 (IP) G4/P4 (FC) 11 J G1/P2 (FC) G2/P2 (IP) G3/P2 (FC) G4/P2 (IP) 12 V Pres. Res. Pres. Res. Pres. Res. Pres. Res. L Conf.2 Conf.3 M Conf.4 Conf.5 M Conf.6 Conf.7 J Pres. Proy Pres. Proy. V Pres. Proy. Pres. Proy. 16:00-20:00 15/09-19/09 Semana 4 16:00-17:30 17:45-19:00 Semana 5 16:00 V 26/09 Examen Teóricos T1 T2 T3 T4 T5 T6 T7 T8 T9 26/08-29/08 Introducción a la fluorescencia Instrumentación y fluoróforos Fluorescencia resuelta en el tiempo Efecto del solvente Desactivación de la fluorescencia 1/09-5/09 FRET Anisotropía Fluorescencia de proteínas Fluorescencia de proteínas resuelta en el tiempo AD AD MM HB AD LGF LGF AD MM Prácticos P1 Introducción a la fluorescencia: Aspectos cuali y cuantitativos de espectroscopia de fluorescencia. Instrumentación, espectros de excitación, de emisión; curvas de calibración IF; efecto de filtro interno; efecto del pH. P2 Desactivación de la fluorescencia intrínseca de proteínas: Cambios conformacionales por pH. Quenching por ioduro de triptofano, albúmina y ovalbúmina, nativas y desnaturalizadas. P3 Determinación de la masa molecular de la albúmina sérica bovina por anisotropía de fluorescencia. Variación de la anisotropía de la albúmina dansilada en presencia de glicerol. P4 Efecto del calcio y del pH sobre la interacción Prodan-albúmina seguidos por FRET. Seminarios Artículos a presentar Estudiantes S1 1 Lakowicz, J.R., and Weber, G. (1973). Quenching of protein 2 S2 1 2 S3 1 2 S4 1 2 S5 1 2 S6 1 fluorescence by oxygen. Detection of structural fluctuations in proteins on the nanosecond time scale. Biochemistry 12, 41714179. Cardamone, M., and Puri, N.K. (1992). Spectrofluorimetric assessment of the surface hydrophobicity of proteins. Biochem J 282 ( Pt 2), 589-593. Lehrer, S.S. (1971). Solute perturbation of protein fluorescence. The quenching of the tryptophyl fluorescence of model compounds and of lysozyme by iodide ion. Biochemistry 10, 3254-3263. Kosinski-Collins, M.S., Flaugh, S.L., and King, J. (2004). Probing folding and fluorescence quenching in human gammaD crystallin Greek key domains using triple tryptophan mutant proteins. Protein Sci 13, 2223-2235. Lakowicz, J.R., Gryczynski, I., Laczko, G., Wiczk, W., and Johnson, M.L. (1994). Distribution of distances between the tryptophan and the N-terminal residue of melittin in its complex with calmodulin, troponin C, and phospholipids. Protein Sci 3, 628-637. Levi, V., and Gonzalez Flecha, F.L. (2002). Reversible fastdimerization of bovine serum albumin detected by fluorescence resonance energy transfer. Biochim Biophys Acta 1599, 141-148. Banik, U., Mandal, N.C., Bhattacharyya, B., and Roy, S. (1993). A fluorescence anisotropy study of tetramer-dimer equilibrium of lambda repressor and its implication for function. J Biol Chem 268, 3938-3943. Kajihara, D., Abe, R., Iijima, I., Komiyama, C., Sisido, M., and Hohsaka, T. (2006). FRET analysis of protein conformational change through position-specific incorporation of fluorescent amino acids. Nat Methods 3, 923-929. Xu, Q.H., Wang, S., Korystov, D., Mikhailovsky, A., Bazan, G.C., Moses, D., and Heeger, A.J. (2005). The fluorescence resonance energy transfer (FRET) gate: a time-resolved study. Proc Natl Acad Sci U S A 102, 530-535. Obsilova, V., Nedbalkova, E., Silhan, J., Boura, E., Herman, P., Vecer, J., Sulc, M., Teisinger, J., Dyda, F., and Obsil, T. (2008). The 14-3-3 protein affects the conformation of the regulatory domain of human tyrosine hydroxylase. Biochemistry 47, 1768-1777. Abbyad, P., Shi, X., Childs, W., McAnaney, T.B., Cohen, B.E., and Boxer, S.G. (2007). Measurement of solvation responses at multiple sites in a globular protein. J Phys Chem B 111, 8269-8276. Se presentarán 2 artículos por seminario. Cada artículo será presentado por 2 estudiantes. Conferencias Autor Título Conf. 1 L. González Flecha Interacciones entre lípidos y proteínas integrales de membrana Conf. 2 S. Pantano Descripción in silico de sondas fluorescentes in vivo Conf. 3 G. Brum Estudio del Acoplamiento Excitación-Contracción en el músculo esquelético mediante técnicas de fluorescencia Conf. 4 G. Greif Aplicaciones de la Fluorimetria al estudio del genoma y la expresión génica Conf. 5 M. Bollati Principios y aplicaciones de la citometria de flujo Conf. 6 N. Alvarez Detección de oxidantes en sistemas celulares por fluorescencia Conf. 7 F. Zolessi Utilización de microscopia de fluorescencia 4D para estudiar la diferenciación in vivo de neuronas