Equipos de Cálculo LinuxVixion basados en GPU

Equipos de Cálculo LinuxVixion
basados en GPU
Sistemas de Modelización Molecular
Certificados para Amber
Molecular Dynamics
Madrid, 2016
www.linuxvixion.com
Equipos de Cálculo Científico. Workstations basadas en GPU y Certificadas para Amber
1. Presentación
LinuxVixion, S.L, compañía española fundada en el año 2002, es una
empresa especializada en el suministro de Equipos y Servicios
informáticos de diseño especial, basados en Linux y orientados al
cálculo científico y la toma de datos en procesos de medida. En ese
sentido ha suministrado múltiples equipos a Centros de Investigación
tan importantes como CIB (CSIC), IFF (CSIC), IQO (CSIC), IMAT (CSIC)
CEDEX (Ministerio de Fomento), Autoridad Portuaria de Bilbao, Facultad
de Farmacia del CEU, UAM, Universidad de Salamanca, Universidad de
Holanda, Universida de Zaragoza, etc.
2. Sistemas de Modelización Molecular (HPC)
Los Sistemas HPC (High Performance Computing) que suministramos
para Modelización Molecular, han sido recibidos por nuestros clientes
con gran satisfacción ya que instalamos y configuramos tanto el
hardware como el software, de acuerdo con los requisitos de
operación del cliente y las licencias existentes. Los paquetes típicos son
AMBER
Maestro (Schrödinger)
MGLTools
Autodock
Autodock Vina
CCPN Analysis
CARA
VMD
DSViusalizer
PHENIX
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En el área de la Cristalografía de Macromoléculas instalamos también
todo el Software para el análisis y procesamiento de datos de
difracción de rayos­X, siendo PHENIX el programa principal.
3. Sistemas CUDA Garantizados para AMBER
AMBER es sin duda el software de Dinámica Molecular más utilizado
actualmente. En colaboración con los desarrolladores de AMBER,
LinuxVixion, S.L. es la única empresa española que suministra SISTEMAS
GARANTIZADOS de cálculo de dinámicas moleculares basados en la
utilización de GPU's. Esto significa que realizamos los test exclusivos del
software que nos garantizan el funcionamiento óptimo de las tarjetas
gráficas para ser usadas como verdaderos Centros de Cálculo.
AMBER es la aplicación clave en dinámica molecular. Se utiliza para
simular biocatálisis e interacciones entre los candidatos a fármaco y los
receptores de proteínas. Una característica ejemplar de AMBER es la
capacidad de usar GPU’s NVIDIA para acelerar las simulaciones de
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moléculas complejas. Ésto mejora notablemente la eficiencia de
muestreo y una mayor exactitud en la investigación de nuevos
proyectos. El principal interés en el desarrollo de AMBER_GPU es llevar la potencia
de un superordenador a los ordenadores más convencionales (de
coste muy inferior), gracias al avance y bajo coste de las tarjetas
gráficas de altas prestaciones, dedicadas en su concepto original a la
industria del juego. LinuxVixion, S.L. en contacto con el equipo de desarrollo de AMBER
proporciona una serie de soluciones mediante la utilización de tarjetas
GPU’s con una óptima relación calidad/precio capaz de competir con
los clusters y superordenadores actuales. Estas soluciones hacen que los científicos e investigadores se centren
en su trabajo de diseño en lugar de preocuparse por la configuración
hardware­software de su Workstation.
4. Sistemas Llave en mano.
Todos los Equipos de Cálculo se suministras listos y configurados para ser
usados de forma inmediata. Realizamos las tareas de configuración de
usuarios, Conexión a la Red del Centro donde son instalados e
incluimos dentro de nuestro suministro los sistemas de copia de
seguridad para recuperación de datos en caso de pérdida accidental
de los mismos.
Configuración de usuarios.
Configuración de Red, hostname, DNS's, etc....
Configuración de servicios.
Transferencia de Datos
Instalación de Máquinas Virtuales
Configuración de Accesos Remotos.
Copias de Seguridad
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5. HOMOLOGACIÓN de SISTEMAS. ISO 9001
Los equipos de cálculo distribuidos por LinuxVixion, S.L. son Workstations
de Cálculo Científico y Servidores ensamblados con componentes
homologados de las primeras marcas del sector informático: Intel, AMD,
Gigabyte, Kingston, Seagate, ASUS, Tyan, Supermicro, Cooler Master,
Corsair, etc. En la actualidad, el ensamblaje de Workstations se realiza bajo Norma
ISO 9001, y el Certificado IQNET
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