Genómica y Proteómica - Pontificia Universidad Javeriana, Cali

Genómica y Proteómica - Pontificia Universidad Javeriana, Cali

Doctorado en Ingeniería
Departamento de Ciencias Naturales y Matemáticas
Pontificia Universidad Javeriana Cali
INFORMACIÓN BÁSICA
Asignatura: Genómica y Proteómica
Intensidad:
4 horas Semanales
Créditos:
4 Créditos
MOTIVACIÓN Y DESCRIPCIÓN DEL CURSO
La teoría de sistemas postulada a inicios de los 50s generó una nueva perspectiva
organizacional pertinente, entre otros, a los sistemas biológicos. Esta perspectiva permite ver a
los sistemas como algo más que la suma de sus partes individuales, ya que las partes del
sistema, de manera regulada y precisa, se sincronizan para un fin específico. Desde esta
perspectiva holística el funcionamiento celular solo puede ser entendido en un marco de
integralidad, al cual se ha podido acceder cuando se analizan sistemáticamente los procesos
celulares por medio de las tecnologías ómicas (genómica, transcriptómica, proteómica,
metabolómica e interactómica).
PROFESORES
Mauricio Quimbaya, Ph.D
Fabian Tobar Tosse, Ph.D
OBJETIVOS
El presente curso de genómica y proteómica busca que el estudiante doctoral comprenda los
procesos celulares desde una perspectiva integrativa mediante el entendimiento global de las
características estructurales del genoma, su relación con los procesos de regulación orquestada
de la expresión genética y los eventos de interacción específica entre proteínas que determinan
una respuesta fenotípica particular. El alumno aprenderá a identificar, entender, manipular y
aplicar herramientas específicas tanto genómicas como proteómicas que le permitirán
aproximarse a un problema de investigación particular desde una perspectiva holística.
PRERREQUISITOS
- Introducción a la bioinformática
- Biología Celular y Molecular I (CNM)
Doctorado en Ingeniería
Departamento de Ciencias Naturales y Matemáticas
Pontificia Universidad Javeriana Cali
CONTENIDO
Doctorado en Ingeniería: Genomics and Proteomics
WEEK
CONTENT
PROF.
Week 1
Genome sequencing (Techniques)
FTT
Week 2
Genome sequencing (Method of analysis)
FTT
Week 3
Genome structure (Genomic elements organization and
function)
FTT
Genome structure (Genomic elements organization and
PART I:
function)
Genomics
FTT
Week 4
Week 5
Transcriptome (Techniques and Methods of analysis )
FTT
Week 6
Noncoding RNA
FTT
Week 7
DNA variants and phenotypic correlation
FTT
Week 8 Exam
DNA variants and phenotypic correlation
FTT
Week 9
Protein Structure and study by wet techniques
MQ
Week 10
Protein Structure and study by wet techniques
MQ
Week 11
Protein Structure and study by in-silico techniques
MQ
Week 12
Protein-Protein interactions (Techniques and Method of
analysis)
MQ
Week 13
PART
II:
Proteomics Protein-Protein interactions (Techniques and Method of
analysis)
MQ
Week 14
Interactomics and interactional networks among proteins
MQ
Week 15
Interactomics and interactional networks among proteins
MQ
Week 16
Exam
Concepts of Metabolomics and other related omics.
MQ
METODOLOGÍA
Dado que el curso sería un curso de formación, la enseñanza de los conceptos fundamentales
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Departamento de Ciencias Naturales y Matemáticas
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se basará en clases magistrales en donde el profesor mediante diferentes modalidades de
exposición y previa preparación de la clase por parte del estudiante, explicará los temas
correspondientes y buscará resolver las posibles dudas que surjan. Sin embargo, dado que el
curso haría parte de un proceso de formación doctoral, el curso tendrá un fuerte componente de
investigación basado en talleres prácticos, rutinas computacionales y en el análisis y discusión
de artículos y literatura científica en el que el producto final de dicha investigación será un
trabajo escrito estructurado a manera de artículo científico de revisión relacionado con algún
tema pertinente y actual de biología celular y molecular. Los ejercicios de laboratorio también
tendrán un peso importante para el desarrollo de habilidades prácticas, que les permitan a los
estudiantes llevar el conocimiento teórico adquirido en clase a la práctica para la aprehensión
de conceptos teóricos básicos, y para la solución de problemas biológicos celulares y
moleculares específicos.
SISTEMA DE EVALUACIÓN
30% Examen Parcial
30% Examen Final
30% Prácticas de investigación
10% Laboratorios, Seminario, Otros
BIBLIOGRAFÍA
- Bioinformatics: An Introduction Computational Biology 21. Jeremy Ramsden. Springer-Verlag
London (2015).
- Discovering Genomics, Proteomics & Bioinformatics. A, Campbell & L, Heyer. Second edition.
Benjamin Cummings. New York (2006).
- Introduction to Genomics. Arthur M. Lesk. Second edition. Oxford University Press New York
(2012).
- Systems Biology a Textbook. Edda Klipp et al. Wiley-Blackwell. London (2009).