Pipeline Ischigualasto

Pipeline Ischigualasto
Ubicación de tractos en microestructura de
sustancia blanca para Atlas Córdoba de
disección – ExploreDTI 4.8.5
Por Ivan Ferreyra
Laboratorio de Procesamiento de Neuroimágenes UNC
Introducción
Durante el elaboración del Atlas Córdoba de Disección con ExploreDTI,
desarrollado por el Laboratorio de Procesamiento de Neuroimágenes de la
Universidad Nacional de Córdoba (Argentina) surgió el problema de cómo presentar
las imágenes donde se planteaba la ubicación de los tractos, de manera sencilla y con
la suficiente información para que incluso quien este iniciándose en el manejo de
ExploreDTI pudiera fácilmente identificar las regiones sobre determinados cortes
cerebrales donde deberá realizar el trazado de las regiones de interés (RDI’s). A
continuación se presenta el proceso que se llevó a cabo para generar las imágenes que
nos parecieron más adecuadas y afines al objetivo de claridad de la información
presentada que persigue el Atlas Córdoba de Disección.
Desarrollo
Para la solución del problema referido a la claridad y funcionalidad de las
imágenes presentadas en el Atlas Córdoba de Disección se utilizaron diferentes
componentes del software ExploreDTI 4.8.5. Uno de ellos pertenece al manual
“Explore DTI” desarrollado por Alexander Leemans, por lo que acá serán explicados
brevemente.
Para el siguiente desarrollo se usaron a modo de ejemplo los tractos de
sustancia blanca de los fascículos fronto-occipitales inferiores.
 Primero se diseccionó uno de los fascículos fronto-occipitales inferiores
con dos “RDI AND”.  Se generaron dos carpetas dentro del caso con el que se trabajó
con los nombres “Front_Occ_der” y “Front_Occ_izq” (para hemisferios derecho e
izquierdo)  Dentro de esa carpeta se guardó el tracto diseccionado y las RDI’s
utilizadas (se ejemplifica con fronto-occipital derecho)
 Se utilizó la herramienta del paso número 17 del manual, “Along Tract
Analysis” (Leemans et al., 2009). La misma se explica a continuación
 Se segmentó el tracto usando la herramienta “Segment Only”  Se
dibujaron 2 “RDI AND” lo más aisladas posible tomando la porción más compacta del
tracto en cuestión y quitando los extremos donde las fibras comienzan a dispersarse
 Se clickeó “Analyze Tracts”  Se guardó la segmentación en la misma carpeta
donde se guardó anteriormente el tracto diseccionado y las RDI’s utilizadas
Segmentación:
Se calculó la fibra medial representativa del tracto y se la dibujó con
“Color Encoding: Geo” e “Hiper Tube Mode: 6” para una mejor visualización final 
Para esto se utilizó “Plugins”  “Perform uniform tract resampling”
 Se utilizó el valor por defecto de “50” debido a que no se conocía la
dimensión de voxels que se utilizaron para hacer el post-procesado el cerebro que se
estaba utilizando. De todos modos para la finalidad que aquí se busca, cumple con la
función esperada. (Para más detalle sobre este paso ver Leemans et al., ExploreDTI
Manual, 2009)
 Se clickeó en “Single” ya que es un solo tracto al que le estábamos
aplicando el procedimiento  Se seleccionó el tracto segmentado que guardamos
anteriormente  Se guardó el resultado en nueva carpeta generada bajo el nombre de
“Output_ur”  Se generó un archivo con el mismo nombre del tracto segmentado más
“_ur”, en este caso “tract_segment_ur”
 Se prosiguió utilizando la herramienta “Plugins”  “Summary
uniformly resampled tracts *.mat files”  Se seleccionó la carpeta donde guardamos
el archivo “_ur”  Se generó una nueva carpeta bajo el nombre de “Output_ur_ri” y se
guardó aquí el nuevo output. El mismo tiene el nombre del archivo de tracto
segmentado más “_ur_ri”. Se generan además otros archivos de *.txt que no van a ser
de nuestro interés por ahora.
 Una vez obtenido este output se repitió el proceso para el mismo tracto
del otro hemisferio
 Obtenido el mismo output del tracto del otro hemisferio solo se cargó
desde “Load fiber tract *.mat” en “Data” un tracto a la vez (los que terminan en
“_ur_ri” !!!) y se dibujaron con los siguientes parámetros:
• Hiper Tube Mode : 6
• Color Encoding : GEO
• Tract Shape: Tubes // Sub-sampling: 1 (esto último es esencial, sino no
podremos visualizar la fibra)
 Por último se modificaron los niveles de trasparencia de los “Axis View”
y de “Brain Context” y se orbitaron ligeramente tanto el “Axis” como el “Orbit Light” 
Se obtuvieron las siguientes imágenes a las cuales se les agregaron los señalamientos
de la ubicación del tracto en el corte del cerebro y referencias sobre la ubicación de las
regiones anterior y posterior.
Con Brain Context
Sin Brain Context
Conclusión
Con este proceso podemos dar más claridad a quien utilice el atlas con
respecto a la ubicación de los tractos que desee diseccionar. Se puede mostrar a su vez
con la única fibra trazada un pantallazo general acerca de la forma anatómica
esperable del tracto en cuestión. A su vez de esta forma tampoco nos apresuramos a
mostrar la visualización del tracto ya diseccionado, la cual será expuesta más
adelante siguiendo el orden de presentación que maneja el Atlas.