II Curso de Proceso y Análisis de Imágenes con ImageJ

II Curso de Proceso y Análisis de Imágenes con ImageJ

Objetivos del curso
El curso está dirigido a investigadores, técnicos y profesionales que trabajen con
imágenes y deseen utilizar técnicas de proceso y análisis de imágenes para
optimizarlas u obtener información de ellas. El objetivo del curso es, por un lado,
instruir a los alumnos en las principales técnicas de proceso y análisis de
imágenes, utilizando el programa de libre distribución ImageJ-Fiji, adquiriendo
los conocimientos teóricos y sobre todo prácticos que les permitirán analizar sus
propias imágenes. Por otro lado se explicarán una serie de técnicas avanzadas
para aplicaciones concretas (análisis de imágenes 3D, medida de neuronas,
etc.) junto con la programación de “macros” que permiten la creación de
aplicaciones a medida para la resolución de problemas concretos.
Aunque los ejemplos que se analizarán a lo largo del curso estarán orientados al
área biomédica, los usuarios de otras disciplinas podrán extrapolarlos fácilmente
a sus áreas de conocimiento (geología, materiales, etc).
Inscripción
Capacidad máxima de 20 personas (por orden de inscripción).
Plazo de inscripción hasta el 22 de Enero de 2016.
Coste del Curso: 125 €.
Preinscripción: Enviar correo electrónico a: [email protected]
Pago: Ingreso o transferencia bancaria una vez confirmada la aceptación.
Contacto: Ángel Martínez Nistal [email protected]
Telf.: 985103659 o extensión universidad: 5406 (Ángel)
II Curso de Proceso y Análisis de Imágenes
con ImageJ-Fiji.
Unidad de Microscopía Fotónica y Proceso de Imágenes
Sección de Análisis Biológico
Edificio Severo Ochoa
Servicios Científico-Técnicos
Universidad de Oviedo
Oviedo, del 1 al 5 de Febrero de 2016
Profesor
Ángel Martínez Nistal
Unidad de Microscopía Fotónica y Proceso de Imágenes
SCTs, Universidad de Oviedo
Lugar
Sala de Informática (Segunda planta, Edificio Severo Ochoa, Campus del Cristo,
OVIEDO)
Organiza
Programa
Día 1 de febrero de 2016
09.00-10.30 Introducción al proceso de imágenes
- Imagen digital.
- Sistemas de captación de imágenes.
- Formatos de imagen.
- Posibilidades de la imagen digital.
- Introducción a ImageJ-Fiji.
10.30 Descanso
11.00-12.00 ImageJ-Fiji. Instalación y funcionamiento básico
- Instalación.
- Comenzando a trabajar con ImageJ-FIJI.
- Menú principal.
- Barra de herramientas.
12.00-13.00 Visualización de imágenes con ImageJ-Fiji.
- Formatos de imagen.
- Bioformatos.
Día 2 de Febrero de 2016
09.00-10.30 Proceso de imágenes con ImageJ-FIJI.
- Operaciones de histograma.
- Operaciones matemáticas.
- Filtros.
10.30 Descanso
11.00-13.00 Segmentación y análisis de imágenes con ImageJ-FIJI.
- Segmentación (“threshold”).
- Morfología Binaria.
- Calibración y medida de imágenes.
- Ejercicio 1
11.00-13.00 Plugins.
- Instalación y actualización de plugins.
- Contaje interactivo “Cell Counter”.
- Medida de Neuronas “Simple Neurite Tracer”.
- Análisis de objetos alargados “Analyze Skeleton”.
Día 4 de Febrero de 2016
09.00-10.30 Realización de macros I
- Introducción a las macros, utilización del Macro Recorder.
- Ventana de script.
- Declaración y comentarios.
- Bucles.
10.30 Descanso.
11.00-13.00 Realización de macros II
- Diálogos.
- Condiciones.
- Ejercicio 2.
Día 5 de febrero de 2016
09.00-10.30 Programación avanzada de macros
- Trabajando con matrices.
- Múltiples input.
- Definición de funciones.
- Ficheros de entrada y salida.
10.30 Descanso.
11.00-12.00 Ejercicio 3
12.00-13.00 Realización de menús de usuario
Día 3 de febrero de 2016
09.00-10.30 Trabajo con imágenes 3D.
- Manipulación de series de imágenes “Stacks y Hyperstacks”.
- Visualización 3D.
- Medidas en 3D.
10.30 Descanso