biología genómica y evolución v

BIOLOGÍA GENÓMICA Y EVOLUCIÓN V
CLAVE ****
QUINTO SEMESTRE
CREDITOS: 10
ASIGNATURA OBLIGATORIA
HORAS POR CLASE
Teóricas: 2.5
HORAS POR SEMANA
Teóricas: 5
HORAS POR SEMESTRE
Teóricas: 80
MODALIDAD:
CURSO-SEMINARIO
Asignatura precedente: Biología Genómica y Evolución IV
Asignatura subsecuente: Biología Genómica y Evolución VI
Objetivos:
1. Que el alumno profundice sus conocimientos en biología evolutiva, haciendo un uso
intensivo de las diferentes estrategias de las ciencias genómicas.
Metodología de la enseñanza
Curso teórico. Exposición de los temas por parte del profesor, con la participación activa
de los estudiantes. Discusión de artículos por parte de los estudiantes en seminarios.
Evaluación del curso:
Exámenes teóricos. Participación en clase y en seminarios.
Temario
1. Bases de datos de secuencias biológicas.
2. Bases de datos de estructuras de proteínas.
3. Obtención de información de bases de datos biológicas.
4. Matrices de sustitución de aminoácidos.
5. Alineamiento local, global y múltiple.
6. Ortología, paralogía, xenología y desplazamientos no ortólogos.
7. Familias de genes y familias de proteínas
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8. Identificación de patrones en secuencias.
9. Predicción de estructuras secundaria y terciaria.
10. Anotación genómica.
11. Métodos de reconstrucción filogenética: parsimonia, máxima probabilidad, unión de
vecinos.
12. Tipos de árboles: con y sin raíz; de genes y de especies
13. Filogenias basadas en genomas, perfiles filogenéticos.
14. Aplicaciones de las filogenias moleculares
Bibliografía Básica
Se emplearán capítulos seleccionados de las siguientes fuentes:
1. Baxevanis, A. D. and Ouellette, B. F. Bioinformatics: A Practical Guide to the
Analysis of Genes and Proteins (2nd Ed). John Wiley & Sons, 2001.
2. Caporale, L. H. Molecular Strategies in Biological Evolution. New York Academy
of Sciences, 1999.
3. Hall, B. G. G. Phylogenetics Made Easy: A How-To Manual for Molecular
Biologists. Sinauer Associates Press, 2001.
4. Higgins, D. and Taylor, W. Bioinformatics: Sequence, Structure, and Databanks:
A Practical Approach. Oxford University Press, 2000.
5. Mount, D. W. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis. Cold Spring
Harbor Laboratory Press, 2001.
6. Nei, M. and Kumar, S. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford University
Press, 2000.
Bibliografía complementaria.
En el curso se emplearán artículos de investigación publicados recientemente en
revistas y libros especializados, los cuales podrán incluir los siguientes:
1. Alphey, L. DNA Sequencing: From Experimental Methods to Bioinformatics.
Springer-Verlag, 1997.
2. Attwood, T. K. Introduction to Bioinformatics. Prentice Hall, 1999.
3. Baldi, P., Brunak, S. and Brunak, S. Bioinformatics: the Machine Learning
Approach (2nd Ed.). The MIT Press, 2001.
4. Brown, S. M. Bioinformatics: a Biologist's Guide to Biocomputing and the
Internet. Eaton Publishing Company/Bio Techniques Books Division, 2000.
5. Clote, P. and Backofen, R. Computational Molecular Biology: An Introduction.
John Wiley & Sons, 2000.
6. Devos, D. and Valencia, A. (2001). Intrinsic errors in genome annotation. Trends
in Genet. 17: 429-431
106
7. Durbin, R., Eddy, R., Krogh, A. and Mitchison, G. Biological Sequence Analysis:
Probabilistic Models of Proteins and Nucleic Acids. Cambridge University Press,
1997.
8. Ewens,W. J. and Grant, G. Statistical Methods in Bioinformatics: An
Introduction. Springer-Verlag, 2001.
9. Gibas, C. and Jambeck, P. Developing Bioinformatics Computer Skills. O'Reilly &
Associates, 2000.
10. Gusfield, D. Algorithms on Strings, Trees and Sequences: Computer Science
and Computational Biology. Cambridge University Press, 1997.
11. Hennig, W., Davis, D. D. and Zangeri, R. Phylogenetic Systematics. University of
Illinois Press, 1999.
12. Iyer, L. M., Aravind, L., Bork, P., Hofmann, K., Mushegian , A. R., Zhulin, I. B. and
Koonin E. V. (2001). Quod erat demonstrandum? The mystery of experimental
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sequences.
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Biol.
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and Practice of Parsimony Analysis (2nd Ed.). Oxford University Press, 1998.
14. Leach, A. R. Molecular Modeling: Principles and Applications (2nd Ed.). Pearson
Education Corporate Communications, 2001.
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of the 3rd International Conference. World Scientific Publishing Company, 1995.
17. Maddison, D. R. and Maddison, W. P. Macclade 4: Analysis of Phylogeny and
Character Evolution. Sinauer Associates Press, 2000.
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University Press, 2000.
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MIT Press, 2000.
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Science and Medicine. CRC Press, 1999.
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University Line, 2002
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39. Wolf, Y. I., Rogozin, I. B.,. Kondrashov, A. S. and Koonin, E. V. (2001). Genome
alignment, evolution of prokaryotic genome organization, and prediction of
gene function using genomic context. Genome Res. 11:356–372.
40. Zimmer, C., Hutton, R. and Gould, S. J. Evolution: The Triumph of an Idea.
HarperCollins Publishers, 2001.
Perfil profesiográfico.
Dada la actualidad y profundidad que se desea en cada una de las asignaturas del
programa, se emplearán preferentemente investigadores con doctorado, que laboren en
temas relacionados a la asignatura. En casos particulares, el Comité Académico podrá
autorizar la participación de estudiantes doctorales avanzados o de profesores con
experiencia en la temática de la asignatura.
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